Sin embargo, desde su debut, no fue hasta el retiro de Diego Maradona en 1997 y la llegada del entrenador Carlos Bianchi en 1998 que pudo consolidarse como titular en Boca Juniors, asentándose como el enganche del equipo en una formación 4-3-1-2, donde Riquelme elaboraba su juego detrás de dos delanteros. A medida que Boca ganó todo a nivel local y continental y el nivel del equipo mermó con la salida de figuras como Palermo, Riquelme se convirtió cada vez más en el punto focal táctico del equipo, a tal punto de llegar a desempeñar otras posiciones, camiseta de boca como la del falso nueve.
