En 1963 volvió a ganar el campeonato de Primera División tras vencer en la última fecha por 9-1 a San Lorenzo, siendo esta la mayor goleada entre dos equipos grandes del país. Gran parte del campeonato se lo debe a Mario Rodríguez Varela, quien anotó 16 goles. Para iniciar la temporada Independiente disputó en Avellaneda un juego contra el Santos brasileño, en conmemoración por la inauguración de los paneles de luz del estadio La Doble Visera.
